Le BOFIP concernant le crédit impôt recherche et innovation vient d’être mis à jour le 2 mars 2016. En particulier un nouveau bulletin traitant des sous-traitants agréés a été publié. Il introduit une nouvelle doctrine fiscale sur la déduction des factures par les prestataires agréés au CIR. Une limitation de la déduction des factures émises a été introduite. L’entreprise agréée ne doit déduire les factures qu’elle émet pour des opérations de recherche, que dans la limite des dépenses qu’elle a exposée sur le projet correspondant.
On se souvient de l’émoi suscité par le bulletin officiel des impôts BOI) du 4 avril 2014, qui a clairement obligé les prestataires de recherche agréés à déduire la totalité des factures qu’ils émettaient à destination de clients privés français, même si ces clients déclarés ne pas faire de CIR. Cette doctrine a entraîné une vague de renoncement à l’agrément de nombreux prestataires.
L’administration vient de publier, le 2 mars 2016 une mise à jour de ce bulletin (BOI-BIC-RICI-10-10-20-30-20160302). La doctrine est bien confirmée. A part le cas de factures émises vers des clients non éligibles au CIR (étrangers ou de droit public donc non soumis à l’impôt), il faut toujours déduire les factures émises de la base de son propre CIR. En revanche, le point 220 du bulletin plafonne les montants à déduire aux dépenses de recherche réalisées sur le projet :
« Cependant, les sommes reçues sont déduites dans la limite des dépenses engagées par l’organisme éligibles au crédit d’impôt »
Le BOI donne un exemple qui indique clairement que les factures ne sont déduites que dans la limite des opérations de recherche relative au projet déclarées par le prestataire.
« Exemple :
L’entreprise A commande à un organisme agréé B une opération de recherche spécifique. B facture la prestation fournie 10.000 € versés par A. Cette somme correspond pour B aux éléments suivants: 4.000 € de dépenses de personnel afférentes aux chercheurs, 2.000 € de dépenses de fonctionnement, 1.500 € de frais de prise et de maintenance de brevets, 1.000 € de frais de défense de brevets, 500 € au titre du forfait social et 1.000 € de marge.
L’entreprise A prendra en compte dans la base de calcul de son crédit d’impôt la somme de 10.000 €.
L’organisme B déduira de la base de calcul de son propre crédit d’impôt la somme de 8.500 €. »
Cette précision limite donc sérieusement la portée des déductions à réaliser. Elle nécessite évidemment de bien identifier les dépenses relatives aux projets réalisés pour le compte des clients.
Il n’est pas précisé si le prestataire peut ne pas déclarer de dépenses relatives aux projets réalisés pour ses clients, et donc ne pas déduire les factures émises (plafond à zéro). Mais on peut le supposer dans la mesure où l’exemple décrit bien l’individualisation des projets.