En 2021, l’administration fiscale a procédé à une importante mise à jour de sa base BOFIP.

Le changement de doctrine est retentissant pour certains postes de dépenses : agrément CIR obligatoire pour les organismes de sous-traitance publics et assimilés, dépenses confiées à ces mêmes organismes retenues dans la limite de trois fois le montant total des autres dépenses de recherche ouvrant droit au CIR, prise en compte des prêts à taux zéro innovation au même titre que les avances remboursables…

Ce changement est consécutif aux modifications apportées par la Loi n° 2020-1721 de Finances 2021 à l’article 244 quater B du code général des impôts, et aux dernières décisions du Conseil d’État.

Des définitions issues du manuel de Frascati de 2015 sont également intégrées aux BOFIP.

L'administration fiscale a procédé en 2021 à une importante mise à jour de sa doctrine en matière de CIR. Le changement de doctrine est retentissant pour certains postes de dépenses, dont en particulier la sous-traitance confiée à des organismes publics.

Changement radical de doctrine sur les activités de R&D externalisées éligibles au CIR

Les modifications apportées par l’administration fiscale ont un impact majeur dans la prise en compte des activités de R&D externalisées dans l’assiette du CIR :

  • comme acté dans la Loi n° 2020-1721 de Finances pour 2021, à compter du 1er janvier 2022, il n’existe plus de différence entre sous-traitance publique et sous-traitance privée. Cela a trois conséquences importantes :
    • les dépenses relatives aux opérations confiées à ces organismes ne seront plus prises en compte pour le double de leur montant, et ne bénéficieront plus d’un plafond majoré de 2 millions d’euros,
    • l’ensemble des organismes de recherche (publics, assimilés publics ou privés) devront être titulaires d’un agrément délivré par le ministre chargé de la recherche pour que le donneur d’ordre puisse prendre en compte dans l’assiette de son CIR les dépenses relatives aux opérations de recherche qui leur sont confiées (BOI-BIC-RICI-10-10-20-30 no 15).
    • Les dépenses d’opérations de recherche confiées à des organismes publics entrent dans la limite de trois fois le montant total des dépenses internes de recherche. Outre ce plafonnement en montant, cette mesure a une conséquence plus grave surtout pour les startups. Jusqu’en 2021, les dépenses de sous-traitance publique entraient dans le total des dépenses internes. Désormais elles font partie des dépenses externes. Ce qui signifie qu’une startup dont les créateurs ne se rémunèrent pas, et qui a pour seules dépenses importantes les frais de collaboration scientifique avec un laboratoire verront leur CIR réduit à zéro.
  • en cohérence avec l’arrêt du Conseil d’État en date du 22 juillet 2020, l’administration précise que les dépenses afférentes aux travaux scientifiques et techniques externalisées qui ne constituent pas en tant que tels des opérations de R&D, mais qui sont indispensables à la réalisation d’une opération de R&D éligible au CIR menée en interne par le donneur d’ordre, peuvent également être prises en compte dans la base de calcul du CIR de l’entreprise donneuse d’ordre (BOI-BIC-RICI-10-10-20-30 no 172) ;
  • la prise en compte de la sous-traitance en cascade est clarifiée : les organismes de recherche prestataires (publics ou assimilés, ou privés agréés) de 1er rang peuvent faire appel à d’autres organismes éligibles pour réaliser certains travaux scientifiques ou techniques indispensables aux opérations de recherche qui leur sont confiées. Les dépenses de recherche externalisées confiées aux organismes éligibles de 2e rang peuvent être prises en compte dans la base de calcul du CIR du donneur d’ordre. Attention, si le sous-traitant de rang 1 confie une partie des travaux à un prestataire non agréé, la quote-part de ces dépenses ne peut pas être prise en compte dans l’assiette du  CIR par le donneur d’ordre (BOI-BIC-RICI-10-10-20-30 nos 175 s.) ;
  • tirant les conséquences de l’arrêt du Conseil d’État en date du 9 septembre 2020, l’administration précise que les organismes de recherche privés ou experts qui réalisent des opérations de recherche pour le compte de tiers doivent déduire de la base de calcul de leur propre CIR les dépenses éligibles exposées pour la réalisation des opérations de recherche effectuées pour le compte de tiers, et non l’intégralité des sommes reçues du donneur d’ordre (BOI-BIC-RICI-10-10-30-20 nos 37 s.) ;
  • La doctrine administrative conditionne l’éligibilité des dépenses inhérentes à une thèse CIFRE à une contractualisation qui permette « d’identifier le programme de recherche qui est l’objet du contrat et la contribution de chacun (annexe scientifique) ainsi que l’apport respectif des parties (annexe financière) » (BOI-BIC-RICI-10-10-20-30 no 171).

Évolution des frais de personnels pris en compte dans le CIR

L’administration apporte des précisions sur les dépenses de personnel prises en compte dans l’assiette du CIR :

  • les dépenses afférentes aux intérimaires peuvent être retenues dans l’assiette du CIR dès lors qu’ils sont des personnels de recherche directement et exclusivement affectés aux opérations de R&D (BOI-BIC-RICI-10-10-20-20 no 80) ;
  • comme annoncé dans la Loi n° 2019-1479 de Finances pour 2020, le montant des frais de fonctionnement relatif aux opérations de recherche est fixé forfaitairement à la somme de 43 % des dépenses de personnel afférentes aux chercheurs et techniciens de recherche directement et exclusivement affectés aux opérations de recherche. Cette disposition s’applique aux dépenses exposées à compter du 1er janvier 2020. Le taux de frais de fonctionnement porté à 200 % s’agissant des dépenses de personnel relatives aux jeunes docteurs reste pour le moment inchangé (BOI-BIC-RICI-10-10-20-25 nos 10 s.) ;
  • conformément à la Loi n° 2019-1479 de Finances pour 2020, des obligations déclaratives complémentaires relatives au personnel titulaire d’un doctorat sont désormais mises en œuvre pour les entreprises qui engagent entre 10 et 100 millions d’euros de dépenses de recherche. Cette obligation déclarative complémentaire s’applique aux exercices ouverts à compter du 1er janvier 2020 (BOI-BIC-RICI-10-10-60 nos 80 s.) ;
  • la liste d’exemple des activités de soutien à exclure de l’assiette du CIR est complétée : activités administratives, de direction, juridiques et réglementaires, commerciales, de transport, d’entreposage, d’entretien et de maintenance, de sécurité et de qualité (BOI-BIC-RICI-10-10-20-20 no 140) ;
  • consécutivement à l’arrêt du Conseil d’État du 19 mai 2021, l’administration supprime la Contribution Exceptionnelle et Temporaire (CET) de la liste des cotisations à exclure de l’assiette du CIR (BOI-BIC-RICI-10-10-20-20 no 310).

Prise en compte des Prêts à Taux Zéro Innovation (PTZI) selon les mêmes modalités que les avances remboursables dans l’assiette du CIR

Selon l’administration fiscale, les prêts à taux zéro innovation (PTZI) distribués par Bpifrance sont assimilés à un financement public de projets de recherche. Ces PTZI sont donc pris en compte dans la base de calcul du CIR selon les mêmes modalités que celles applicables aux subventions remboursables, c’est-à-dire déduits de la base de calcul lorsqu’ils sont perçus et ajoutés lorsqu’ils sont remboursés (BOI-BIC-RICI-10-10-30-20 n° 25).

Nouvelle définition des activités de Recherche et Développement au sens de l’administration fiscale

L’administration précise et complète la définition et l’identification des activités de recherche et développement :

  • la définition des activités de recherche et développement est mise à jour : les opérations relevant de la recherche fondamentale, de la recherche appliquée ou du développement expérimental, seules éligibles au CIR, doivent cumulativement comporter 5 critères, à savoir un élément de nouveauté, de créativité et d’incertitude, être systématique ainsi que transférable et/ou reproductible (BOI-BIC-RICI-10-10-10-20 nos 10 s.) ;
  • la définition et les objectifs du développement expérimental sont complétés (BOI-BIC-RICI-10-10-10-20 nos 70 s.)
  • les notions d’état des techniques existantes, ou état de l’art, ainsi que de verrou scientifique sont précisées (BOI-BIC-RICI-10-10-10-20 no 90) ;
  • la démarche d’identification des activités de R&D proposée est développée (BOI-BIC-RICI-10-10-10-25 nos 60 s.).

Clarification de la date de qualification de PME ouvrant droit au remboursement immédiat d’une créance de CIR

S’agissant de la qualification d’une entreprise en tant que PME au sens de l’Union Européenne, ouvrant droit au remboursement immédiat d’une créance de CIR, l’administration fiscale avait déjà indiqué qu’une entreprise qui dépasse le seuil de l’effectif ou les seuils financiers exigés ne perd la qualité de PME que si ce dépassement se produit au titre de deux exercices consécutifs. De manière symétrique, elle précise désormais qu’une entreprise qui n’avait pas jusqu’à présent la qualité de PME, n’acquiert la qualité de PME que si le respect de ces seuils se produit au titre de deux exercices consécutifs. Ces modalités s’appliquent également dans les cas d’entrée ou de sortie d’un groupe (BOI-BIC-RICI-10-10-50 n° 140). L’administration abroge donc sa précédente doctrine autorisant les PME à demander le remboursement de leur créance de CIR dès le premier exercice suivant leur sortie d’un groupe fiscal.